Japonya, gelişmiş bir denizcilik sektörüne sahiptir. Ada ülkesi olmasından dolayı sayısız liman kenti vardır. Japonya’daki belli başlı liman kentleri şunlardır;
Beppu,
Chiba,
Funagawa, Fukuoka,
Hakodate, Hachinohe, Hakui, Hiroşima, Hofu,
Gamagori,
Ibaraki, Iki, Imari,
Kagoşima, Kanazawa, Kawasaki, Kobe, Kumamoto, Kuji,
Naha, Nagoya, Noshiro, Niigata,
Osaka, Okayama,
Sado, Sakata, Sendai,
Takamatsu, Tokyo, Toyama, Tsu,
Uki, Ube,
Yaizu, Yokosuka, Yokohama,
